%0 Journal Article
%A 杜忠毓
%A 段义忠
%A 亢福仁
%A 王建武
%T 基于SLAF-seq简化基因组技术的沙冬青SNP位点开发及遗传分析
%D 2018
%R 10.7525/j.issn.1673-5102.2018.01.017
%J 植物研究
%P 141-147
%V 38
%N 1
%X 选取分布在内蒙古、宁夏、甘肃10个地点的沙冬青个体，用SLAF-seq简化基因组技术进行测序。以大豆基因组为参照，通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计，筛选特异长度的DNA片断，构建SLAF-seq文库，并通过高通量测序的方式获得海量序列，再通过软件分析比对，获得多态性SLAF标签，最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。结果共获得374265个SLAF标签，其中多态性SLAF标签56295个。通过序列分析，共开发得到127278个SNP。对所有的SNP根据完整度>0.5，MAF>0.05过滤，共得到102025个高一致性的群体SNP。基于过滤后的SNP，运用数学统计学方法，对10份沙冬青个体完成系统进化树、群体结构、PCA分析，从基因组水平揭示不同个体之间的遗传分化关系。结果表明，通过群体结构分析发现这10个地点的沙冬青都来源于同一祖先，但由于地理位置的影响使得这10个地点的沙冬青在生长发育过程中发生了遗传分化。通过系统进化树发现分布在内蒙古的沙冬青具有较近的亲缘关系，甘肃和宁夏的沙冬青有较近的亲缘关系。
%U https://bbr.nefu.edu.cn/CN/10.7525/j.issn.1673-5102.2018.01.017